De acordo com os Estatutos do Instituto Superior de Agronomia, o Presidente é o órgão de mais elevada responsabilidade na gestão e representação do ISA, que assegura a execução das linhas estratégicas aprovadas pelo Conselho de Escola.

O Presidente do ISA é eleito pelo Conselho de Escola, de entre professores e investigadores do ISA em efetividade de funções ou de outras instituições de ensino universitário ou de investigação, nacionais ou estrangeiras, por um mandato de quatro anos, não podendo exercer consecutivamente mais de dois mandatos.